Od školního roku 2006/2007 byl zaveden do výuky Školní vzdělávací program „Chléb a hry“ (dále jen ŠVP) pro nižší stupeň gymnázia, od září 2009 je ŠVP závazný i pro vyšší stupeň gymnázia. Kompletní znění ŠVP je k dispozici v sekci Dokumenty.
Ústředním pojmem probíhající reformy ve školství a relativně novým principem, který formuluje vrcholný cíl působení školy, jsou klíčové kompetence. Smyslem a cílem vzdělávání na nižším a vyšším stupni gymnázia je vybavit všechny žáky souborem takových kompetencí na úrovni, která je pro ně dosažitelná, a připravit je tak na další vzdělávání a uplatnění ve společnosti. Za klíčové jsou považovány kompetence k učení, řešení problémů, kompetence komunikativní, sociální a personální, kompetence občanská a kompetence k podnikavosti (více ve ŠVP Chléb a hry).
Od primy se žáci učí dvěma cizím jazykům – angličtině a němčině. Dalším volitelným jazykem je latina v septimě. Ve výuce je věnována velká pozornost aktuálním tématům, dále rozvíjení kompetencí žáků a také informačním technologiím.
V rámci výuky podle ŠVP byly zavedeny nové předměty na nižším stupni gymnázia: mediální výchova, výchova demokratického občana, seminář z dějepisu, seminář z informatiky, člověk a svět práce a výchova ke zdraví.
Ve vyšších ročnících gymnázia jsou zařazeny tyto volitelné předměty – konverzace v cizím jazyce, seminář z matematiky, rétorika a latinský jazyk. V oktávě si studenti vybírají tři z pětihodinových bloků seminářů z informatiky, matematiky, fyziky, biologie, chemie, dějepisu, zeměpisu a základů společenských věd. Ve vyšších ročnících vede většinu hodin anglické konverzace lektor – rodilý mluvčí.
Gymnázium, Praha 9, Chodovická 2250 je školou ve které mohou probíhat odborné praxe studentů učitelství. Z tohoto důvodu se řádné výuky s vědomím vedení školy průběžně mohou účastnit studenti oboru učitelství (náslechy, výukové hodiny).